Teniendo como base los objetivos generales y específicos del Plan Nacional de Desarrollo Económico y Social hasta 2030 en cada uno de los 6 ejes estratégicos: desarrollo e innovación, recursos naturales, medio ambiente, desarrollo humano, justicia y equidad, y el resultado del diagnóstico realizado, se formularon los siguientes objetivos estratégicos del sector enfocados al cumplimiento de su visión:
- Contribuir a la sostenibilidad alimentaria y calidad de vida de la población.
- Incrementar los ingresos por exportaciones y la contribución al financiamiento del sector.
- Garantizar la conservación, protección y manejo sostenible del medio ambiente, considerando los impactos del cambio climático y la gestión de riesgos y desastres.
- Contribuir al mejoramiento de las condiciones laborales y de vida en el medio rural, con énfasis en las zonas montañosas y el desarrollo local.
- Incrementar el papel de la ciencia, la tecnología y la innovación.
- Fortalecer la matriz institucional implicada en el desempeño del sistema agropecuario y forestal.